Po pozytywnym rozpatrzeniu wniosku aplikacyjnego przez instytucje krajowe i państw-darczyńców, dla każdego realizowanego projektu z osobna podpisywana będzie umowa finansowa. Umowa będzie dokumentem przyznającym wnioskodawcy środki z Mechanizmu Finansowego EOG i/lub Norweskiego Mechanizmu Finansowego oraz określającym szczegółowe warunki realizacji projektu, w tym jego harmonogram.

Najpierw umowa będzie podpisywana przez Krajowy Punkt Kontaktowy z państwami-darczyńcami. Następnie podobna umowa będzie podpisywana przez właściwą Instytucję Pośredniczącą z beneficjentem.

Wzór umowy finansowej, przygotowany przez Biuro Mechanizmów Finansowych w Brukseli, jest od dłuższego czasu przedmiotem konsultacji i dyskusji z państwami – beneficjentami.

W toku rozmów strona polska wielokrotnie zwracała uwagę na następujące niekorzystne propozycje zapisów:

- otwarte, niesprecyzowane warunki, które będą musieli spełnić beneficjenci, aby uzyskać dofinansowanie z Mechanizmów Finansowych. Strona polska poprosiła o ich doprecyzowanie, tak, aby wnioskodawcy w momencie składania wniosku aplikacyjnego byli świadomi, jakie obowiązki będą na nich ciążyły. Darczyńcy zgodzili się na opracowanie katalogu możliwych warunków, niemniej jednak ostateczna ich lista będzie ustanawiana dla każdego projektu z osobna po zakończeniu oceny wniosku aplikacyjnego przez darczyńców,

- obowiązek ubezpieczenia przez beneficjenta aktywów majątkowych projektu w trakcie jego realizacji oraz przez określony czas po jego zakończeniu. Strona polska poprosiła o rezygnację z tego wymogu wskazując na wysokie koszty ubezpieczenia w Polsce (w stosunku do dochodów) oraz brak takich obciążeń w innych programach pomocowych. Do tej pory darczyńcy zgodzili się, aby koszt ubezpieczenia mógł być traktowany jako koszt kwalifikowalny oraz na ograniczenie obowiązku ubezpieczenia (obecnie przygotowywana jest lista aktywów, które będą musiały podlegać obowiązkowemu ubezpieczeniu),

- długotrwała realizacja wniosków o płatność, która łącznie może potrwać 4-5 miesięcy. Wynika to z tego, że wnioski o płatność będą realizowane każdorazowo dla projektów pojedynczych przez instytucje darczyńców. Sprawdzone i potwierdzone wnioski o płatność przez instytucje krajowe, będą następnie podlegały weryfikacji po stronie darczyńców (która ma potrwać do 2 miesięcy). Dążeniem strony polskiej jest maksymalne skrócenie czasu oczekiwania przez beneficjenta na refundację poniesionych wydatków,

- wysokie ryzyko zawieszenia płatności na rzecz danego projektu przez darczyńców. Wynika to z uzależniania realizacji wniosków o płatność jednego projektu od pomyślnej realizacji pozostałych projektów. Strona polska zwróciła uwagę, że są to zapisy szczególnie niekorzystne dla beneficjenta, bo wiążące się z wysokim ryzykiem możliwości nieotrzymania refundacji.