Zarządzanie poszczególnymi priorytetami zostało powierzone Instytucjom Pośredniczącym. Poniżej zamieszczono dane kontaktowe do nich:
- Ministerstwo Środowiska
dla trzech priorytetów:
1. „Ochrona środowiska, w tym środowiska ludzkiego, poprzez m.in. redukcję zanieczyszczeń i promowanie odnawialnych źródeł energii”,
2. „Promowanie zrównoważonego rozwoju poprzez lepsze wykorzystanie i zarządzanie zasobami”,
3. „Ochrona środowiska m.in. ze szczególnym uwzględnieniem wzmocnienia zdolności administracyjnych do wprowadzania w życie odpowiednich przepisów, istotnych dla realizacji projektów inwestycyjnych”.
Kontakt:
Ministerstwo Środowiska
Departament Instrumentów Finansowych
Ul. Wawelska 52/54
00-922 Warszawa
www.mos.gov.pl/mfeog 
e-mail: mfeog@mos.gov.pl
Narodowy Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej
(Instytucja Wspomagająca dla Ministerstwa Środowiska)
Departament Funduszy Norweskich
ul. Konstruktorska 3A
02-673 Warszawa
e-mail: mfeog@nfosigw.gov.pl
fax: 22 459 06 21
-
- Ministerstwo Spraw Zagranicznych od stycznia 2010 r. (poprzednio: Urząd Komitetu Integracji Europejskiej)
dla dwóch priorytetów:
1. „Rozwój zasobów ludzkich poprzez m.in. promowanie wykształcenia i szkoleń, wzmacnianie w samorządzie i jego instytucjach potencjału z zakresu administracji lub służby publicznej, a także wspierających go procesów demokratycznych”
2. "Pomoc techniczna przy wdrażaniu acquis communautaire"
Kontakt:
Ministerstwo Spraw Zagranicznych
Departament Wdrażania Programów Rozwojowych
Al. Szucha 23
0-580 Warszawa
tel.: 22 455 52 64
www.ukie.gov.pl 
- Ministerstwo Zdrowia
dla priorytetu „Opieka zdrowotna i opieka nad dzieckiem”,
Kontakt (adres do korespondencji):
Ministerstwo Zdrowia
Departament Funduszy Europejskich
ul. Solec 22
00-410 Warszawa
www.zdrowie.gov.pl 
Beata Wrońska
tel.: 22 53 00 153, e-mail: b.wronska@mz.gov.pl
Biuro do Spraw Zagranicznych
Programów Pomocy w Ochronie Zdrowia
(Instytucja Wspomagająca dla Ministerstwa Zdrowia)
Al. Jerozolimskie 155,
02-326 Warszawa
www.bpz.gov.pl 
Krystyna Drogoń
tel.: 22 659 85 01, e-mail: k.drogon@bpz.gov.pl
- Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego
dla priorytetu „Badania naukowe”,
Kontakt:
Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego (poprzednio Ministerstwo Edukacji i Nauki oraz Ministerstwo Nauki i Informatyzacji)
Departament Instrumentów Polityki Naukowej
ul. Wspólna 1/3
00-529 Warszawa
www.mnisw.gov.pl
zakładka Nauka/Finansowanie pozabudżetowe/Mechanizmy finansowe
tel.: 22 628 57 85
- Ministerstwo Spraw Wewnętrznych i Administracji
dla priorytetu „Wdrażanie przepisów z Schengen, wspieranie Narodowych Planów Działania z Schengen, oraz wzmacnianie sądownictwa”,
Kontakt:
Ministerstwo Spraw Wewnętrznych i Administracji
Departament Unii Europejskiej i Współpracy Międzynarodowej
ul. Batorego 5
02-591 Warszawa
www.mswia.gov.pl
- Ministerstwo Rozwoju Regionalnego
dla priorytetu „Polityka regionalna i działania transgraniczne”
Kontakt:
Ministerstwo Rozwoju Regionalnego
Departament Programów Pomocowych i Pomocy Technicznej,
ul. Wspólna 2-4
00-926 Warszawa
Priorytet "Polityka regionalna i działania transgraniczne"
Marta Krępska
tel.: 22 461 34 79
e-mail: marta.krepska@mrr.gov.pl