Zasadą przyznawania środków z Mechanzimów finansowych jest zwrot poniesionych wydatków. Generalnie projekty są dofinansowywane na zasadzie zwrotu poniesionych kosztów, po przygotowaniu i przekazaniu wniosku o płatność.
Wniosek o płatność (ang. Project Interim Report)
Beneficjent deklaruje w Planie Wdrażania Projektu, będącym załącznikiem do Umowy Finansowej (zobacz zakładkę REALIZACJA PROJEKTÓW / UMOWA FINANSOWA), z jaka częstotliwością będzie składał wniosek o płatność, przy czym nie może to być częściej niż co 3 miesiące kalendarzowe i nie rzadziej niż raz na rok. We wniosku o płatność sporządza się sumaryczne zestawienie wydatków dotyczących działań kwalifikowanych w ramach danego projektu pojedynczego lub programu. Następnie ww. środki dzieli się na dwie kwoty, zgodnie z procentowymi wielkościami dofinansowania projektu przyznanego w ramach Mechanizmów Finansowych oraz wkładu własnego beneficjenta. W związku z powyższym kwoty z faktur oraz innych dowodów księgowych, na podstawie których został sporządzony wniosek o płatność, sumuje się i rozlicza zbiorczo, dzieląc otrzymaną sumę na środki finansowe przyznane w ramach Mechanizmów Finansowych oraz środki finansowe, będące wkładem własnym beneficjenta do projektu.
Wnioski o płatność są przygotowywane w euro. Beneficjent podaje wydatki w PLN w podziale na miesiące, w których zostały poniesione. Są one następnie automatycznie przeliczane wg ustalonego kursu zgodnie z algorytmem w formularzu. Ponieważ formularze wniosków o płatność będą generowane każdorazowo dla danego beneficjenta przez Biuro Mechanizmów Finansowych (BMF) w Brukseli, określanie tego kursu nie będzie obowiązkiem beneficjenta. Kurs ten zostanie ustalony przez BMF i z góry podany beneficjentowi w każdym wniosku o płatność. Kurs ten (euro do PLN) będzie kursem wymiany z dnia poprzedzającego ostatni dzień roboczy miesiąca poprzedzającego miesiąc, w którym odnotowano wydatek. Kursy te są publikowane w serii C Dziennika Urzędowego Wspólnot Europejskich 
Kursy walutowe - przydatne do wypełniania sprawozdań oraz wniosków o płatność - informacja z września 2010 r.
Pobierz plik (18 KB) 
Formularz Wniosku o płatność będzie wypełniany przez beneficjenta w języku angielskim. Właściwa, zindywidualizowana wersja tego formularza zostanie dostarczona każdorazowo w wersji elektronicznej beneficjentowi przez Biuro Mechanizmów Finansowych za pośrednictwem Krajowego Punktu Kontaktowego/Instytucji Pośredniczącej przed końcem okresu objętego danym Wnioskiem o płatność (zgodnie z harmonogramem ustalonym w Planie Wdrażania Projektu). Ponadto, beneficjent wypełnia polską wersję wniosku o płatność, która jest tłumaczeniem angielskiej wersji.
Wniosek o płatność dla pojedynczych projektów oraz grantów blokowych i programów - w polskiej i angielskiej wersji wraz z instrukcją wypełniania - znajduje się w zakładce realizacja projektów/ monitoring i raportowanie 
Zgodnie z dokumentem System przepływów finansowych dla pojedynczych projektów i programów realizowanych w ramach Mechanizmu Finansowego EOG oraz Norweskiego Mechanizmu Finansowego (zobacz zakładkę realizacja projektów/monitoring i raportowanie
), czas oczekiwania beneficjentów na refundację poniesionych kosztów wynosi ok. dwóch miesięcy.