System zarządzania i wdrażania Mechanizmu Finansowego EOG oraz Norweskiego Mechanizmu Finansowego w Polsce został przygotowany w oparciu o ramy systemu, jakie zawiera Aneks A Memorandum of Understanding wdrażania Mechanizmu Finansowego EOG oraz Aneks A Memorandum of Understanding wdrażania Norweskiego Mechanizmu Finansowego (zobacz zakładkę DOKUMENTY/ PODSTAWY PRAWNE). Przy konstruowaniu założeń systemu uwzględniono polskie rozwiązania instytucjonalne, prawne i finansowe. Ponadto, wykorzystane zostały doświadczenia z funkcjonowania systemu zarządzania i wdrażania funduszy strukturalnych i Funduszu Spójności UE.

System zarządzania i wdrażania opiera się na następujących kluczowych elementach:

a) instytucji sprawującej ogólny nadzór nad wykorzystaniem środków z Mechanizmów Finansowych - Krajowy Punkt Kontaktowy,
b) instytucji odpowiedzialnych za zarządzanie i wdrażanie poszczególnych priorytetów Mechanizmów Finansowych – Instytucje Pośredniczące,
c) instytucji wspierających Instytucje Pośredniczące w realizacji zadań – Instytucje Wspomagające,
d) instytucji odpowiedzialnej za zarządzanie finansowe – Instytucja Płatnicza,
e) instytucji odpowiedzialnej za kontrolę finansową i audyt – Instytucja Audytu,
f) kolegialnego ciała sprawującego monitoring nad wykorzystaniem środków z Mechanizmów Finansowych – Komitet Monitorujący,
g) kolegialnych ciał dokonujących oceny i rekomendacji kwalifikujących się projektów w ramach poszczególnych obszarów priorytetowych– Komitety Sterujące.

Zarządzanie Mechanizmami Finansowymi
Minister Rozwoju Regionalnego ponosi ogólną odpowiedzialność za wykonywanie zobowiązań ciążących na stronie polskiej, wyrażonych w Memorandum of Understanding wdrażania Mechanizmu Finansowego EOG oraz Memorandum of Understanding wdrażania Norweskiego Mechanizmu Finansowego. Obsługę Ministrowi Rozwoju Regionalnego zapewnia Ministerstwo Rozwoju Regionalnego.